Le fatture elettroniche sono soggette ad imposta di bollo secondo la disciplina prevista, in generale, per le fatture cartacee. Pertanto, l'imposta si applica nella misura di 2 euro per le fatture aventi ad oggetto corrispettivi non assoggettati ad IVA di importo superiore a 77,47 euro (fatta salva l'applicazione di specifiche esenzioni). Tali fatture devono riportare l'annotazione che l'imposta è stata assolta ai sensi del DM 17.6.2014. Specifiche regole sono infatti previste con riguardo al versamento dell'imposta di bollo, che deve avvenire secondo le modalità di cui all'art. 6 co. 2 del DM 17.6.2014, ossia in via telematica (mediante F24 online), in unica soluzione, entro 120 giorni dalla chiusura dell'esercizio. Tale modalità di versamento vale sia per le fatture emesse e ricevute in formato elettronico, sia per le fatture emesse in formato elettronico in via facoltativa e non accettate come tali dal destinatario.